Тип публикации: статья из журнала
Год издания: 2025
Идентификатор DOI: 10.31951/2658-3518-2025-A-6-1313
Ключевые слова: Flavobacterium sp. PLB03, freshwater sponges, CAZymes, puls, Type IX secretion system, genomic islands, Opportunistic pathogenicity, пресноводные губки, локусы утилизации полисахаридов, система секреции IX типа, геномные острова, условная патогенность
Аннотация: Here we present the complete genome sequence of the Flavobacterium sp. strain PLB03 isolated from the primmorphs cell culture of the Lubomirskia baikalensis sponge and compare it with pathogenic free-living members of the genus Flavobacterium. Strain Flavobacterium sp. PLB03 exhibits pronounced lytic activity towards sponge cells aПоказать полностьюnd causes death of symbiotic microalgae (the Trebouxiophyceae). The Flavobacterium sp. PLB03 genome has 5,925,828 bp and a GC content of 34.3%. An average nucleotide identity (ANI) of 98.9% revealed that strain Flavobacterium sp. PLB03 has the highest similarity to Flavobacterium CSZ. Comparative genomic analysis of the strain and phylogenetically related Flavobacterium indicated that Flavobacterium sp. PLB03 has a large genome size characteristic of the environmental genus Flavobacterium, and the peptidase (PEP) to glycoside hydrolase (GH) gene ratio is 1.8, suggesting that strain PLB03 exhibits characteristics similar to nonpathogenic strains. В данной работе мы представляем полную последовательность генома штамма Flavobacterium sp. PLB03, выделенного из культуры клеток примморф губки Lubomirskia baikalensis, и сравниваем его с патогенными и свободно живущими представителями рода Flavobacterium. Штамм Flavobacterium sp. PLB03 проявляет выраженную литическую активность в отношении клеток губки, а также вызывает гибель симбиотических микроводорослей (Trebouxiophyceae). Геном Flavobacterium sp. PLB03 имеет длину 5 925 828 п.н. и содержание ГЦ 34,3%. Средняя идентичность нуклеотидов (ANI) 98,9% показала, что штамм Flavobacterium sp. PLB03 имеет наибольшее сходство с Flavobacterium CSZ. Сравнительный геномный анализ штамма и филогенетически родственного рода Flavobacterium показал, что изолированный штамм Flavobacterium sp. PLB03 имеет большой размер генома, характерный для экологического рода Flavobacterium, а соотношение генов пептидаз и гликозидгидролаз составляет 1.8, что позволяет предположить, что штамм Flavobacterium sp. PLB03 обладает характеристиками, сходными с непатогенными штаммами.
Журнал: Limnology and Freshwater Biology
Выпуск журнала: №6
Номера страниц: 1313-1328
ISSN журнала: 26583518
Место издания: Иркутск
Издатель: Лимнологический институт СО РАН